BepiColombo hat zwei Magnetfeldmessgeräte an Bord. Das Magnetometer auf dem japanischen Orbiter (MGF) wurde unter der Federführung des IWF in Kooperation mit dem japanischen Weltraumforschungsinstitut (ISAS/JAXA) und der TU Braunschweig entwickelt und gebaut, wobei MGF-O (outboard) von den europäischen Instituten und MGF-I (inboard) von Japan beigesteuert wurde.
Bei dem Magnetometer auf dem europäischen Orbiter (MPO-MAG, s. Abbildung) hat das IWF das technische Management übernommen und die Hard- und Software der Datenverarbeitungseinheit entwickelt. Die Leitung von MPO-MAG liegt bei der TU Braunschweig.
MGF und MPO-MAG sind digitale Fluxgate-Magnetometer mit einem dynamischen Messbereich von etwa ±2000 nT und einer maximalen Vektorrate von 128 Hz.
Die wichtigsten wissenschaftlichen Zielsetzungen der Magnetfeldmessungen auf dem Magnetosphärischen Orbiter (Mio) sind die Erforschung der Struktur und Dynamik der Magnetosphäre sowie die Prozesse, die die Wechselwirkung zwischen Magnetosphäre und Sonnenwind auf der einen Seite und der Magnetosphäre und dem Planeten selbst auf der anderen Seite bestimmen. Man wird sich auf jene Effekte konzentrieren, die sich deutlich von der wesentlich besser bekannten Erdmagnetosphäre unterscheiden: (1) das relativ schwache Eigenfeld des Merkur und dessen Wechselwirkung mit dem jungen, starken Sonnenwind, (2) die vergleichbar kleine Ausdehnung der Merkur-Magnetosphäre und die möglicherweise größere Bedeutung von plasma-kinetischen Effekten und (3) das Fehlen einer Ionosphäre.
Es wird erwartet, dass diese Effekte einen großen Einfluss auf (1) die Rekonnexion der Magnetfeldlinien auf der Tagseite und im Schweif der Magnetosphäre, (2) die Struktur und Dynamik der entlang der Magnetfeldlinien ausgerichteten Stromsysteme und (3) die niederfrequenteren Plasmawellen haben.
Die wichtigste wissenschaftliche Zielsetzung der Magnetfeldmessungen auf dem Planetaren Orbiter (MPO) ist die detaillierte Erforschung des Eigenfeldes und damit verbunden die Bestätigung von Modellen, die das Innere des Merkur beschreiben. Alle erwähnten wissenschaftlichen Zielsetzungen benötigen eine intensive Koordination der Magnetfeldmessungen auf den beiden Satelliten.