Po přibývajících národnostních konfliktech nacismus ideologicky zničil soužití rovnoprávných občanů a nevratnou radikalizací poznamenal vztah „Čechů“ a „Němců“. Národnostní přináležitost se stala primárním rozhodujícím znakem a nutila každého jasně říct, ke komu patří.
Po zřízení Protektorátu Čechy a Morava začal panovat stejný teror jako celém území Říše, ke které bylo přičleněno pohraniční pásmo. Ihned začala rasistická pronásledování a odstraňování politických disidentů. Během druhé světové války přišlo o život 40 000 až 45 000 etnických Čechů, převážně kvůli agresivním opatřením nacistického režimu. Téměř 70 000 českých a moravských Židů a asi 6000 Romů bylo zavražděno.
Mezi německými Slováky bylo nadšení pro nacismus méně rozšířené než u německých Čechů a v samostatném, nicméně na Německé říši závislém Slovenském státu neprobíhaly do roku 1944 mezi Slováky a Němci žádné silné třenice. Teror a vyloučení se týkaly především Židů a Romů. Z 89 000 Židů, kteří žili na konci roku 1938 na Slovensku, bylo 70 000 deportováno do Německé říše a většina z nich zavražděna