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Der Slowakische Nationalaufstand erhob sich im August und dauerte bis Oktober 1944. Er richtete sich gegen die faschistische Regierung und deren Bindung an das Deutsche Reich und hatte das Ziel, das Land der näher rückenden sowjetischen Front zu öffnen. Er wurde getragen von Teilen der Slowakischen Armee, in- und ausländischen Partisanen sowie Freiwilligen aus verschiedenen Nationen und stand in Verbindung mit der tschechoslowakischen Exilregierung in London. Das Zentrum des Aufstandes lag in der Mittelslowakei um Banská Bystrica. Die unterschiedlichen Regionen des Aufstandes und die verschiedenen Gruppierungen waren schlecht miteinander koordiniert, was wesentlich zu seiner schnellen Niederschlagung durch die deutsche Wehrmacht beitrug. Pogrome an Zivilisten wurden von beiden Seiten begangen.
Die deutschsprachigen BewohnerInnen der Slowakei wurden nach dem Nationalaufstand und bei näher kommender sowjetischer Front von der Wehrmacht evakuiert, vielfach unter Zwang. Umso vollständiger und systematischer, je weiter im Osten die Gebiete lagen. In der Zips und im Hauerland wurden tatsächlich die meisten Menschen evakuiert. Vor allem entschiedene Nazi-Gegner widersetzten sich.
Etwa ein Drittel der nach Österreich oder ins Sudetenland Evakuierten reiste nach Kriegsende unter schwierigen Umständen und von Gewalt bedroht zurück in die slowakischen Heimatgebiete. Die meisten Rückkehrer wurden umgehend in Lagern interniert. Wer aus den Lagern floh, hatte wesentlich bessere Chancen als in Böhmen und Mähren, wieder in das Familienheim einziehen zu können. Zwar waren die meisten Häuser bereits von Slowaken aus Nachbargemeinden und im Nationalaufstand verbrannten Dörfern besiedelt. Doch die neuen Bewohner waren häufig dazu bereit, die Häuser wieder zu räumen. Die Vertreibungen der zurückgekehrten „Deutschen“ durch die Behörden waren weniger rigoros als in Tschechien. Gegenüber 33.000 Menschen, die nach dem Potsdamer Abkommen vertrieben wurden, konnten etwa 20.000 bleiben.