HEPHY liefert signifikante Beiträge zum LHC Experiment CMS am CERN, Genf, sowie zum BELLE Experiment am KEK in Japan. Das Institut ist Mitglied des CRESST Dunkle Materie Experiments und beteiligt sich außerdem an der Entwicklung zukünftiger Beschleunigerexperimente. Die Theoriegruppen am HEPHY befassen sich mit Quantenchromodynamik, Supersymmetrie, und Dunkler Materie.