Die Tätigkteiten des Instituts ruht auf zwei Säulen:

• Projekte (Teilchenphysik)
• Fachbereiche (Experimentelle Methoden)

Die Projektgruppen beschäftigen sich mit der Erforschung fundamentaler teilchenphysikalischer Fragestellungen der modernen Physik. Die Fachbereiche garantieren die langfristige Kontinuität der Experimente und bringen ihre Expertise in verschiedene Projekte ein.

Typischerweise sind MBI-Mitarbeiter/innen gleichzeitig einem Fachbereich und mehreren Projektgruppen zugeordnet. Die Fachbereiche des Instituts betreiben auch die Infrastruktur, z.B. die mechanische Werkstätte, das EDV-Netz und den Reinraum, während die Projekte u.A. die Beteiligung an internationalen Forschungsvorhaben sicherstellen. Darüber hinaus gibt es auch eine Projektgruppe für Öffentlichkeitsarbeit.