Bereits im Jahr 2010 erhielt Julius Brennecke einen der begehrten Starting Grants des European Research Council (ERC) zum Aufbau seiner Forschungsgruppe am IMBA. Diese Förderung hat entscheidend dazu beigetragen sein Labor zu einem der führenden im Themenbereich der RNA Interferenz zu etablieren. Der Erfolg der letzten Jahre hat dann auch maßgeblich zur Bewilligung des mit € 2 Millionen dotierten ERC Consolidator Grants beigetragen. „Die großzügige ERC Förderung wird es mir weiterhin ermöglichen Top-Wissenschaftler zu rekrutieren und mehr Risiko bei den Projekten einzugehen“, sagt Brennecke.
 
Im Mittelpunkt der Forschung von Julius Brennecke stehen die molekularen Prozesse des piRNA Signalweges in der Fruchtfliege Drosophila. Dieser Mechanismus, der in allen Tieren zu finden ist, gehört zur Gruppe der kleinen RNA Signalwege, welche maßgeblich an der Regulation von Genen, Viren und Transposons beteiligt sind. Das Besondere am piRNA Signalweg ist, dass er wie ein Schutzmechanismus für das Genom wirkt, indem er Transposons in den Zellen der Keimbahn unterdrückt. Transposons sind ‚egoistische Gene’, DNA Abschnitte, die von einem Ort im Genom zum anderen springen können und somit oft schädliche Mutationen verursachen. Die Erforschung dieses genetischen Konflikts wird daher grundlegende Einblicke in die Co-Evolution von Transposons und Wirtsgenom liefern. Zugleich erhoffen sich die Wissenschaftler neue Erkenntnisse über die Prozesse der Genexpression aufzudecken.