Das ITA finanziert seine Arbeit zu etwa zwei Dritteln aus Mitteln des Bundesministeriums für Bildung, Wissenschaft und Forschung (BMBWF) über das Budget der Österreichischen Akademie der Wissenschaften sowie derzeit zu einem Drittel aus Drittmitteln. Die Drittmittel stammen einerseits aus kompetitiver Antragsforschung, etwa bei der Europäischen Union oder diversen Fonds, andererseits aus Auftragsforschung für Institutionen wie z.B. den Rat für Forschung und Technologieentwicklung (RFTE), das Bundesministerium für Verkehr, Innovation und Technologie (BMVIT) oder den Science and Technology Options Assessment (STOA) Ausschuss des Europäischen Parlaments.

Die Allgemeinen Studien-Bedingungen des ITA enthalten weitere Details zu Finanzierung und Projektabwicklung.