Mit Ausbruch des Zweiten Weltkriegs im September 1939 wurde die Flucht aus Österreich wesentlich erschwert. Wichtige Emigrationsziele wie Großbritannien schlossen ihre Tore für Flüchtlinge aus dem deutschen Machtbereich. 1940 okkupierte die deutsche Wehrmacht wichtige Zufluchtsländer wie Frankreich, Belgien und Holland. Das Kriegsgeschehen blockierte auch wichtige Fluchtrouten, zum Beispiel über das Mittelmeer. Außerdem kamen mit den eroberten Gebieten, vor allem mit Polen weitere Millionen Jüdinnen und Juden unter deutsche Herrschaft. Versuche, in Nisko am San, im polnisch-russischen Grenzgebiet ein „Judenreservat“ einzurichten und die Juden aus dem Deutschen Reich dorthin abzuschieben scheiterten. Mordaktionen mobiler Einsatzgruppen der SS, des SD und der Gestapo sowie vereinzelter Einheiten der Wehrmacht in Polen sollten zunächst die Vertreibung der jüdischen Bevölkerung bewirken, bald dienten sie jedoch ihrer Vernichtung.
Die Deportation von 5.000 Wiener Jüdinnen und Juden im Februar/März 1941 ins polnische Generalgouvernement markierte den Übergang von der Vertreibungs- zur Vernichtungspolitik in Österreich. Die endgültige Hinwendung zur Judenvernichtung brachte der Überfall der deutschen Wehrmacht auf die Sowjetunion am 22. Juni 1941 sowie das Auswanderungsverbot im Oktober 1941. Zwischen Oktober 1941 und Oktober 1942 erfolgten die systematischen Deportationen der Wiener jüdischen Bevölkerung in die Ghettos und Konzentrationslager "im Osten", wo die meisten an den vorherrschenden Lebensbedingungen zugrunde gingen oder ermordet wurden. Ab September 1941 kamen in der Südukraine, bald auch im Warthegau (Polen), in Weißrussland und in Serbien Gaswagen der Euthanasieaktion zum Einsatz. Im Winter/Frühjahr 1941/42 wurden Vernichtungslager mit Gaskammern in Belzec, Lublin (Majdanek), Chelmno, Sobibór, Treblinka und Auschwitz-Birkenau erbaut. Nur wenige Wiener Juden wurden direkt in diese Vernichtungslager verschickt. Die meisten kamen aus anderen Ghettos und Lagern, wie Theresienstadt dorthin. Weitere Jüdinnen und Juden aus Österreich wurden in vermeintlichen Zufluchtsländern von der deutschen Kriegsmaschinerie eingeholt und ebenfalls deportiert und ermordet. Die Zahl der österreichischen Opfer der Shoah beträgt mehr als 66.000. Aus Währing sind 641 Opfer der Shoah dokumentiert. Die Opferzahl ist aber aller Wahrscheinlichkeit nach höher.