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Juden und Jüdinnen waren neben den ebenfalls rassistisch verfolgten Roma und Sinti die Gruppe, die am schlimmsten unter den Nationalsozialisten zu leiden hatte. Von 357.000 Juden und Jüdinnen, die sich nach 1939 auf tschechoslowakischem Gebiet aufhielten, wurden 270.000 im Holocaust ermordet.

Viele von ihnen standen der deutschsprachigen Kultur nahe. In den tschechischen Städten waren sie im 19. und frühen 20. Jahrhundert Träger des Deutschtums, in der ungarischen Reichshälfte sprachen viele Juden und Jüdinnen ungarisch. Gegenüber dem tschechoslowakischen Staat waren sie loyal, umso mehr als dieser Staat vom Deutschen Reich bedroht und der Einfluss des Nationalsozialismus unter der deutschsprachigen Bevölkerung zunahm.

Die tschechischen Zivilisten verhielten sich in der NS-Zeit den Juden und Jüdinnen gegenüber positiv, waren generell nicht antisemitisch und denunzierten selten – im Gegensatz zu weiten Teilen der deutschsprachigen Bevölkerung, die sich darin zu Handlangern der Nazis machen ließen.

Die Slowaken waren in ihrem Verhalten sehr unterschiedlich. Viele waren Antisemiten und kollaborierten mit den Nazis in der Deportation. Der klerikal-faschistische Ständestaat, mit dem Priester Jozef Tiso als Präsidenten, war besonders unerbittlich in der Deportation und bezahlte das Dritte Reich noch für die Übernahme jedes Deportierten. Doch gab in der Slowakei auch sehr viele, die Juden und Jüdinnen unterstützten und versteckten – und zwar besonders unter den ProtestantInnen, die in Opposition zum katholisch-faschistischen Staat standen.

Der Neuanfang in der 1945 wiedererrichteten Tschechoslowakei wurde vor allem bürgerlichen und primär deutschsprachigen Juden und Jüdinnen erschwert. „Arisierter“ Besitz wurde selten restituiert und die Einbürgerung wurde hintangehalten, sodass die meisten Überlebenden die Emigration bevorzugten.