Aufgaben der Abteilung Prähistorische Archäologie sind die Realisierung und wissenschaftliche Betreuung ausgewählter Forschungsvorhaben in den chronologischen Schwerpunkten Paläolithikum, späte Bronzezeit (Urnenfelderkultur) und Eisenzeit (Etruskologie, La Tène-Kultur). Ziel ist, die Forschung in diesen Zeitperioden österreichweit zu intensivieren. Neue Forschungsmethoden – etwa zur Ressourcenforschung, Auswertung von Siedlungsspuren sowie Gräberfeldanalysen – werden an der Abteilung für Prähistorische Archäologie erarbeitet und international präsentiert und diskutiert.
Eine weitere Hauptaufgabe der Abteilung Prähistorische Archäologie ist die monographische Veröffentlichung wissenschaftlicher Ergebnisse der gesamten Ur- und Frühgeschichte in der Publikationsreihe „Mitteilungen der Prähistorischen Kommission“ (MPK). In diesem Rahmen werden auch Lexika und Wörterbücher sowie Audio CDs veröffentlicht. Außerdem wird die Zeitschrift „Archaeologia Austriaca“ (ArchA) herausgeben und redigiert.
