Die seit 1980 an der ÖAW bestehende Wiener Arbeitsstelle der Neuen Schubert-Ausgabe wurde im Oktober 2006 der vormaligen Kommission für Musikforschung (jetzige Abteilung Musikwissenschaft des IKM) zugeordnet. Sie ist internationale Kooperationspartnerin eines langfristigen musikwissenschaft- lichen Editionsunternehmens mit Sitz an der Universität Tübingen, dessen Ziel die wissenschaftlich-kritische Herausgabe aller Werke Franz Schuberts in 83 Bänden ist. Auf Grundlage aller zur Verfügung stehenden Quellen und der neuesten Forschungsergebnisse ist die Neue Schubert-Ausgabe dabei bemüht, dem spezifischen Charakter des Schubert'schen Werkverständnisses gerecht zu werden. Dazu gehören etwa die gleichberechtigt nebeneinander stehenden Fassungen eines Werkes sowie die Verdeutlichung der bisweilen zahlreichen Varianten. Auf diese Weise wird bei aller philologischen Komplexität ein Notentext erstellt, der auch der musikalischen Praxis dienen möchte. Die Neue Schubert-Ausgabe erscheint im Bärenreiter-Verlag in Kassel. Die Wiener Arbeitsstelle betreibt Quellenrecherchen, die Edition eigener Bände sowie die Redaktion von Bänden anderer Mitarbeiter(innen). Im Bereich der Öffentlichkeitsarbeit werden Informationsveranstaltungen (Vorträge, Präsentationen und Gesprächskonzerte) durchgeführt; hinzu kommt die wissenschaftliche Beratung von KünstlerInnen und Festivals. Seit 2012 wird die Datenbank "Schubert-Autographe: Die größte Sammlung im Internet" von der Arbeitsstelle betreut.