Mit der Einsetzung des Phonogrammarchivs 1899 entstand die erste musikwissenschaftlich arbeitende Forschungsabteilung der ÖAW; ihr folgte 1921–1938 die Kommission zur Herausgabe der in den Kriegsgefangenenlagern aufgenommenen Gesänge. 1944 wurde die bis zum 31.12.2012 bestehende Kommission für Musikforschung (KMf) eingesetzt; erster Obmann war der damalige ÖAW-Sekretär, der Germanist Dietrich von Kralik-Meyerswalden, dem 1946 Erich Schenk folgte (ab 1974 Franz Grasberger, ab 1983 Othmar Wessely, ab 1998 Franz Födermayr, ab 1999 Rudolf Flotzinger, ab 2006 Gernot Gruber).

Zuletzt zählte die KMf folgende zwölf Mitglieder: Theophil Antonicek (Wien), Moritz Csáky (Wien), Rudolf Flotzinger (Graz), Franz Födermayr (Wien), Wolfgang Gratzer (Salzburg), Gernot Gruber (Wien, Obmann), Hans-Dieter Klein (Wien), Andrea Lindmayr-Brandl (Salzburg), Birgit Lodes (Wien, Obmann-Stellvertreterin), Brigitte Mazohl (Innsbruck), Alfred Noe (Wien) sowie Oswald Panagl (Salzburg).

Dem externen Wissenschaftlichen Beirat der KMf gehörten an: Hans-Joachim Hinrichsen (Zürich), Hartmut Schick (München), Nicole Schwindt (Trossingen), Reinhard Strohm (Oxford-Wien) sowie Tibor Tallián (Budapest).

Seit 1.1.2013 bildet die nunmehrige Abteilung Musikwissenschaft gemeinsam mit der Abteilung Kunstgeschichte das neu gegründete Institut für kunst- und musikhistorische Forschungen (IKM).