Ursprünglich als Zentralstelle für die Schubert-Forschung konzipiert, stellt die Kommission für Musikforschung (KMf) heute die wichtigste außeruniversitäre Forschungseinrichtung des Faches Musikwissenschaft in Österreich dar.

Mit der Einsetzung der Phonogrammarchivs-Kommission 1899 (heute Phonogrammarchiv) entstand die erste musikwissenschaftlich arbeitende Forschungsabteilung der ÖAW; ihr folgte 1921–1938 die Kommission zur Herausgabe der in den Kriegsgefangenenlagern aufgenommenen Gesänge. 1944 wurde die KMf eingesetzt; erster Obmann war der damalige ÖAW-Sekretär, der Germanist Dietrich von Kralik-Meyerswalden (1884–1959), dem 1946 Erich Schenk folgte (ab 1974 Franz Grasberger, ab 1983 Othmar Wessely, ab 1998 Franz Födermayr, ab 1999 Rudolf Flotzinger, ab 2006 Gernot Gruber). 1972 hat sich die Kommission für Schallforschung (seit 1999 Institut) von der Phonogrammarchivs-Kommission abgespaltet; eine Kommission für Kunst- und Musiksoziologie bestand nur wenige Jahre (1989–1994).

Zu den zentralen Betätigungsfeldern der KMf zählen neben dem Forschungsprojekt "Musik – Identität – Raum" (MIR) die Fortführung der Onlineversion des Oesterreichischen Musiklexikons (oeml) sowie mehrere Editions- und Dokumentationsprojekte. Nationale und internationale Kooperationen sind in diesen Bereichen selbstverständlich und notwendig: als Beispiel sei die Wiener Arbeitsstelle der Neuen Schubert-Ausgabe genannt, die das Ziel einer wissenschaftlich-kritischen Herausgabe der Werke Franz Schuberts gemeinsam mit Partnern in Deutschland verfolgt. Der Erforschung von Leben, Werk und Rezeption Anton Bruckners widmet sich ein eigener Forschungsbereich an der KMf. Weitere Editionsvorhaben, an denen die KMf seit 2008 federführend beteiligt ist, sind die Johann-Joseph-Fux-Gesamtausgabe sowie die Anton Webern Gesamtausgabe (in Kooperation mit der Universität Basel).

Darüber hinaus verfolgen die Mitarbeiter(innen) der KMf mehrere kleinere Forschungsprojekte im Rahmen des allgemeinen Projekts "Studien zur Musikgeschichte Österreichs und Zentraleuropas". Durch regelmäßige Meetings werden förderliche Wechselwirkungen erreicht und eine inhaltliche Vernetzung der Einzelprojekte angestrebt.

Um die Wahrnehmbarkeit ihrer wissenschaftlichen Arbeit in der Öffentlichkeit zu erhöhen, werden von der KMf in engem Bezug zu laufenden Forschungsprojekten bzw. im Rahmen von Tagungen Begleitveranstaltungen vorbereitet und durchgeführt. Sie sollen sich durch Allgemeinverständlichkeit bei gleichzeitiger inhaltlicher Exzellenz auszeichnen. Angestrebt wird der Konnex zwischen Fachleuten, praktischen Musiker/-innen und einem allgemein interessierten Publikum, um auf diesem Weg die praktische Relevanz der Forschungsleistungen der ÖAW-Mitarbeiter/-innen zu dokumentieren. Konzerte mit wissenschaftlich aufbereitetem, neuem Material werden im Rahmen einer CD-Reihe (Kooperation mit dem Phonogrammarchiv der ÖAW) der Öffentlichkeit angeboten.

Ihr primäres Profil als zentrale Stelle für die Angliederung externer musikbezogener Forschungsprojekte behält die KMf bei. Entscheidende Auswahlkriterien sind für die Zukunft weiterhin die Exzellenz der durchführenden Mitarbeiter/-innen wie der Projektinhalte im internationalen Vergleich sowie eine ausreichende Finanzierung über einzuwerbende Drittmittel (Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung [FWF]; Land und Stadt Wien; Land Oberösterreich; Jubiläumsfonds der Österreichischen Nationalbank; Ernst von Siemens-Musikstiftung).